در سال 38 هجرى كه على از صفين برگشت و وارد كوفه شد تا زمان شهادتش كه قريب بدو سال و چند ماه فاصله داشت اين مدت كوتاه را تلخ‏ترين مدت زندگانى على (عليه السلام) مى‏شود بحساب آورد و مى‏توان ادعا كرد نظير آن به هيچيك از مشاهير دنيا رخ نداده است.
از طرفى ناراحتى داخلى كه عده‏اى از قشون على (عليه السلام) كناره‏گيرى نموده بصورت ظاهر اين جمعيت عابد زاهد بودند ولى در اثر حماقت و عواميت شعارشان اين بود لاحكم الالله اين عده كه خوارج ناميده مى‏شوند على (عليه السلام) درباره آنان فرمود آنها حق را در ظلمات باطل مى‏جويند.
اين گروه نادان بمغزشان نمى‏رفت كه خود قرآن كه به حكومت آن تسليم مى‏شدند از كاغذ و مركب بوجود آمده است لازم است عالمى از آن استخراج حكم نمايد و على (عليه السلام) خوارج را بسيار موعظه و پند داد و عبيدالله بن عباس را بسوى آنها فرستاد كه آنها را به اشتباه‏شان آگاه سازد باز اثر نبخشيد مهمترين ايراد خوارج به على در سه ماده خلاصه مى‏شد 1- چرا على (عليه السلام) با شاميان جنگ كرد ولى از غارت اموال آنها مانع شد 2- چرا بحكميت ابوموسى و عمرو عاص تن داد در حاليكه ما حكميت قرآن را پيشنهاد كرديم قبول نكرد 3- در عهد نامه‏اى كه در صفين نوشته شد چرا نام خود را باميرالمؤمنين نبرد و اين خود دليل است كه على در خلافت خود مشكوك است .
دوباره على (عليه السلام) ابن عباس را به نصيحت آنان فرستاد و خود مولا آنها را موعظه كرد و اظهار فرمود من هم مثل شما مى‏خواستم دستور قرآن اجرا شود و براى همين منظور با معاويه جنگ مى‏كردم و به حكميت ابوموسى و متار كه جنگ مخالف بودم در اثر فشار شماها جنگ متروك شد و ابوموسى با رأى شماها انتخاب گرديد.
نصايح على (عليه السلام) ابتدا در دل آنها اثرى گذاشت با حضرتش نماز خواندند سپس كه نتيجه حكميت عليه على (عليه السلام) تمام شد دوباره به محل اولى برگشتند و امام به آنها پيغام داد كه ما هم بر سر رأى اولى هستيم و خيال حمله داريم شما هم با ما همكارى كنيد در پاسخ با كمال وقاحت گفتند همه كافر شده بوديم ما توبه كرديم تو هم بايد توبه كنى سپس به تو كمك كنيم شهريار پايه نادانى اينها را در مرتبه نهائى ديد با حال يأس از آنها دست برداشت.
از طرف ديگر ناراحتى‏هائيكه از طرف معاويه متوجه بود گاه ضحاك بن قيس را با جهار هزار نفر براى غارتگرى بخاك عراق مى‏فرستاد و گاه بسربن ارطاة را براى غارتگرى بانبار و قتل و كشتار اهل مدينه و مكه و يمن سوق مى‏داد و آن خبيث جنايات جبران ناپذيرى به مسلمين وارد كرد.
على (عليه السلام) اردوى نجاه با فرماندهى (جاريه‏بن قدامه سعدى) براى دفع و ريشه كن ساختن وى فرستاد و از طرفى محمد بن ابى‏بكر كه از طرف على بحكومت مصر اعزام شده بود و تازه مشغول كار بود و معاويه نظر به آنكه حكومت مصر را به عمروعاص وعده داده بود ناچار در صدد اشتغال آن كشور برآمد و لشگرى بفرماندهى معاويه بن خديج براى حمله به آن ناحيه روانه ساخت.